殺菌的主要對象是肉毒芽孢螺旋桿菌，此種菌能產生對人體造成致命傷害的毒素，其屬耐熱性厭氧菌，在121℃環境中三分將鐘將失去生物活性，在100℃環境中6個小時左右失去生物活性。當然，溫度越高，該病菌存活時間越短。121℃殺菌時，食品中心F值達到4，食品中就不會檢測出肉毒芽孢螺旋桿菌，達到了商業無菌的要求。

所以對食品進行殺菌，溫度一般都會控制在121℃左右，溫度太高對食品的風味會產生不良影響。如果某點的溫度低于平均溫度，那么該點就不能達到預定的殺菌F值，這個點附近的食品就無法達到殺菌要求。這就要求殺菌鍋內各點在升溫時溫度必須迅速達到一致，保持各點F值高度一致，這樣才能迅速結束殺菌過程。降溫也要迅速，大限度減少殺菌流程時間。