罐頭內食品表面上出現霉菌生長的現象稱為霉變。這種情況也不常見，出現的原因是罐頭密封性不好，青霉菌、曲霉菌和檸檬霉菌等霉菌趁虛而入。如果罐頭密封性好，這種狀況不會出現，因為大多數霉菌為不耐熱菌，極易被殺死。

事實表明，從原料處理至灌裝殺菌，食品均會受到不同程度的微生物污染，罐頭食品的種類不同，罐頭內出現的腐敗菌種類不同。污染率愈高，在同樣溫度下，殺菌所需的時間愈長。而且不同種類的微生物具有不同程度的抗熱性。罐頭食品的細菌多來自于生產設備、車間空氣以及罐頭包裝內部的細菌。殺菌是食品生產加工過程中一個非常重要的環節，是殺滅敗壞微生物和鈍化能造成罐頭品質變化的酶，其次是改進食品的風味。

許多微生物能夠導致罐頭食品的敗壞，罐頭食品如殺菌不夠，殘存在罐頭內的微生物當條件轉變到適于其生長活動時，或由于密封不嚴而造成微生物重新侵入時，就能造成罐頭食品的敗壞。通過殺菌，可以有效地防止食品不受病蟲害及霉菌和細菌等微生物的危害，并破壞食品中的酶，使食品貯藏兩年以上而不變質。傳統的食品殺菌工藝，是采用蒸、煮、加熱的方法，利用傳導和對流換熱，熱源從食品的外表向內部傳遞進行加熱，在一定的溫度作用下，使食品中的微生物達到熱力致死。